El club nace a mediados de 2007, en las aulas del la Escuela Superior de Ciencias Deportivas, en el centro de la Capital Federal. Allí, tras algunos partidos amistoso, un grupo de jóvenes periodistas deportivos deciden conformar un equipo de fútbol con intenciones de competir en torneos amateur.
Con "futbolistas" provenientes de diferentes puntos de la provincia de Buenos Aires y del Interior del país, nace El Niupi FC. El nombre se tomó en base a la popular serie animada Supercampeones (o Capitán Tsubasa), que marcó la infancia de todos los jugadores del equipo.
Como en toda historia de un club, sus origines y primeros resultados o estadísticas exactas resultan una incógnita a la hora de puntualizar en ellas, pero se puede asegurar que el primer torneo"Copa Invierno", de modalidad fútbol 7, se disputó hacia mediados de ese mismo año 2007; con la particularidad de que ya sea por el apresuramiento o desorganización inicial, se disputó con pecheras. Lográndose los 8vos de final.
Hacia el 2008, El Niupi FC presentaría no solo recambio en sus filas, sino también una mejor organización del club. Se compró un equipo de camisetas nuevas para lograr la identidad propia deseada, cuyo modelo también se basó en la original del equipo de Oliver Atom, unánimemente. Se disputa un solo torneo, el "Mafalda Diente de Leche" entre los meses de Mayo y Julio. Alcanzando los 8vos de final.
En el 2009, también tras altas y bajas de jugadores y una pre-temporada en Villa Geselll, la apuesta del equipo se hace más importante. Se encaran dos torneos: la "Copa del Mundo", entre los meses de Julio a Agosto, donde se logran los 16vos de final; y también el "Torneo B Nacional", entre Septiembre y Octubre, pero con la particularidad de que se alcanzan también el pasaje a la siguiente ronda, pero situaciones internas en la camarilla de los jugadores producen la salida abrupta del equipo de la competencia.
Limados los problemas de egos y liderazgo interno, el El Niupi FC finalmente quedó compuesto con la base de 5 de sus fundadores: Ariel E. González, Pablo A. Ventrici, Leandro E. Capdepón, Maximiliano S. Ávila y Pablo Mouzo; más un jugador histórico desde 2008; Pablo O. Passaglia. Así conformados, y alternando con jugadores para solo completar la ausencia de alguno de ellos, comenzarían el 2010 sin imaginar lo que el club conseguiría. Se decidió jugar con modalidad de fútbol 5, excelente y efectiva decisión, ya que en el primer torneo del año, la "Copa América", disputado entre Abril y Agosto, el equipo conseguiría el máximo objetivo que un club amateur y de amigos puede aspirar: salir campeón. Con una excelente estadística: 12 PG, 1 PE y 1 PP; 125 GF y 46 GC. Y también consiguiendo los trofeos de "goleador del torneo" (Pablo Mouzo, con 48 goles) y el de "mejor jugador" (Pablo A. Ventrici). La segunda mitad del año de oro en la historia de El Niupi FC se cerraría con un tercer puesto en la copa "Mundo Ascenso", disputada de Agosto a Noviembre.
En este 2011, el club disputó el torneo "Serie A Italiana" finalizando en el tercer puesto. Algunos rumores de vestuario indicarían que puede ser el último en la historia del club, pero no sería la primera vez que esto ocurre... el destino marcará la historia.
